cara nya adalah bisa anda tambahkan sbb:
1. login ke root via ssh
2. lalu cari user cpanel yg mau di custome php.ini nya
misal:
vi /home/user/.cl.selector/alt_php53.cfg
;>=== Start of PHP Selector Custom Options ===
upload_max_filesize=64M
register_globals=off
register_long_arrays=Off
;